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重慶市巴南區(qū)中醫(yī)院地處重慶西南部歷史名邑巴縣，成立于1981年，國家二級甲等中醫(yī)醫(yī)院，愛嬰醫(yī)院，重慶市交通事故快速搶救定點醫(yī)院，城鄉(xiāng)居民合作醫(yī)療保險、城鎮(zhèn)職工醫(yī)療保險、工傷保險、生育保險、商業(yè)保險定點醫(yī)院，干部保健定點醫(yī)院，重慶市中醫(yī)藥行業(yè)協(xié)會巴南辦事處牽頭單位，巴南區(qū)中醫(yī)藥聯(lián)盟理事長單位，巴南區(qū)中醫(yī)藥學會理事長單位，重醫(yī)中醫(yī)藥學院、重慶理工大學、重慶醫(yī)藥高等?？茖W校、重慶市護士學校、重慶市南丁衛(wèi)生職業(yè)學校等教學實習醫(yī)院，重慶青年職業(yè)技術(shù)學院教學醫(yī)院，重慶理工大學研究生（MPA）聯(lián)合培養(yǎng)基地，巴南區(qū)中醫(yī)藥適宜技術(shù)培訓基地，巴南區(qū)中醫(yī)醫(yī)療、教學、科研基地，重慶市衛(wèi)生單位，重慶市五星級“美麗醫(yī)院”。
醫(yī)院占地面積30畝，建筑面積5.2萬平方米?，F(xiàn)有職工772人，專業(yè)技術(shù)人員705人，中高級職稱415人，博士、碩士73人。重慶市名中醫(yī)2人（溫木生、柯祖祥），重慶市首屆基層名中醫(yī)1人（劉莉），巴南區(qū)名中醫(yī)3人（周定偉、胡清偉、牟琴），全國基層名老中醫(yī)藥傳承專家1人，重慶市區(qū)縣醫(yī)療衛(wèi)生學術(shù)技術(shù)帶頭人1人，重慶市區(qū)縣醫(yī)學頭雁人才1人，巴南區(qū)“菁英計劃”人才2人，巴南區(qū)學術(shù)技術(shù)帶頭人及后備人選2人，全國中醫(yī)藥傳承人才2人，全國中醫(yī)護理骨干1人。
醫(yī)院開設內(nèi)科、外科、骨傷科（骨傷一科脊柱、骨傷二科關節(jié)與運動醫(yī)學）、婦產(chǎn)科、兒科、針灸（推拿）科、康復醫(yī)學科、老年病科、肛腸科、皮膚科、眼科、耳鼻咽喉科、感染性疾病科（發(fā)熱門診、腸道門診）、急診醫(yī)學科、重癥醫(yī)學科、麻醉科、口腔科、治未病科、營養(yǎng)科、門診部（國醫(yī)館、國醫(yī)大師傳承工作室、筋傷門診）、基層指導科。其中內(nèi)科設肺病科·呼吸與危重癥醫(yī)學科、脾胃病科、腫瘤科、心病科、腎病科（含血液透析中心）、腦病科、內(nèi)分泌科、風濕病科；外科設普外科、神經(jīng)外科、泌尿外科等臨床學科。開設藥學部（含臨床藥學室）、醫(yī)學檢驗科、放射科、超聲醫(yī)學科、功能檢查科（心功能室、肺功能室、腦功能室）、手術(shù)室、病理科、輸血科、內(nèi)鏡中心、導管室、消毒供應中心等醫(yī)技科室。設住院病區(qū)16個，開放床位699張。
現(xiàn)有國家級中醫(yī)特色專科2個（針灸科、骨傷科），市級中醫(yī)特色?？?個（皮膚科、腦病科），市級中醫(yī)重點專科5個（針灸科、兒科、皮膚科、肛腸科、骨傷科），區(qū)級重點?？?個（康復科），重慶市中醫(yī)藥重點學科1個（針灸學）。名中醫(yī)工作室9個（國醫(yī)大師段亞亭傳承工作室、國醫(yī)大師廖品正傳承工作站、全國名中醫(yī)王輝武傳承工作室、全國基層名老中醫(yī)藥專家溫木生名中醫(yī)傳承工作室、中國中醫(yī)科學院名醫(yī)陳楓傳承工作室、重慶市名中醫(yī)文仲渝傳承工作室、重慶醫(yī)科大學教授蒲曉東工作室、重慶市名中醫(yī)柯祖祥工作室、四川省骨科醫(yī)院鄭氏中醫(yī)骨科流派傳承工作室）。區(qū)級質(zhì)量控制中心3個（針灸理療、中藥藥事管理、中醫(yī)護理質(zhì)量控制中心）。市級中醫(yī)優(yōu)勢專科建設單位3個（中醫(yī)風濕病科、中醫(yī)肛腸科、中醫(yī)皮膚科）。建有卒中、胸痛、創(chuàng)傷三大急救中心，建成四川省中西醫(yī)結(jié)合近視防治中心分中心，重慶腫瘤醫(yī)院中醫(yī)腫瘤規(guī)范化診療基地，河南省洛陽正骨醫(yī)院（河南省骨科醫(yī)院）骨傷?？?、重慶市肛腸?？?、重慶市內(nèi)分泌糖尿病?？啤⒅袊鞑縿?chuàng)傷?？啤⑽髂巷L濕免疫病?？?、重醫(yī)附二院創(chuàng)面修復?？?、成都中醫(yī)藥大學附屬醫(yī)院（四川省中醫(yī)院）針灸學?？坡?lián)盟建設單位。
醫(yī)院配備1.5T磁共振、64排螺旋CT、DSA血管介入手術(shù)系統(tǒng)、光學相干斷層掃描儀、四維彩色超聲診斷系統(tǒng)、電子胃腸鏡、電子動態(tài)頻閃喉鏡系統(tǒng)、全自動生化分析儀、全自動（電）化學發(fā)光分析儀、口腔頜面錐形束計算機體層攝影設備、眼前節(jié)測量評估系統(tǒng)等檢查設備。配備Q開關Nd：YAG激光治療機、強脈沖光治療儀、體外沖擊波治療儀、低頻脈沖治療儀、四肢聯(lián)動康復訓練儀、懸吊康復訓練器、光脈沖瞼板腺功能障礙（MGD)治療儀等中醫(yī)診療設備。配備超乳玻切一體機、鈥激光、關節(jié)鏡、椎間孔鏡、超高清腹腔鏡系統(tǒng)等微創(chuàng)設備。
2025年，基本建成中醫(yī)藥特色優(yōu)勢突出、中醫(yī)藥文化氛圍濃厚、與巴南區(qū)社會經(jīng)濟發(fā)展相適應的高質(zhì)量三級中醫(yī)醫(yī)院。